function somefunction() {

    какие-то операторы;

  }

заменяется на эквивалентный текст:

function somefunction() {

    var encrypted= "...";

      // зашифрованный текст тех же самых операторов

var source=decoding_function (encrypted);

    eval(source);

  }

Для выполнения такой замены, конечно, следует написать некую автоматическую (или автоматизированную) утилиту.

При таком подходе функции постоянно существуют в зашифрованном виде вплоть до момента их вызова, и рассматривать их исходный текст сравнительно бесполезно.

Используемый алгоритм шифрования, в частности его криптостойкость, не имеет значения. Все равно все ключи для расшифровки, если такие имеются, распространяются вместе с зашифрованными данными. Единственная цель шифрования – сделать текст JavaScript визуально нечитаемым. Собственно, разумнее всего вместо шифрования использовать какой-нибудь простой алгоритм сжатия типа Лемпеля-Зива.

Мы не будем останавливаться на реализации такого алгоритма – это классическая задача, многократно описанная в литературе. Тут есть лишь один специфический подводный камень.

Как правило, алгоритмы расшифровки (или распаковки сжатых данных) должны получать на вход массив бинарных данных – некоторую цепочку битов. А строчная JavaScript-константа, присваиваемая переменной encrypted оператором:

var encrypted= "...";